双孔亚纲Diapsida鳞龙下纲Lepidosauria
双孔亚纲是主干的爬行动物，在最初的爬行动物登场后不久就已经出现，在最初的时期虽然不是主要的爬行动物，但是随后一直成为爬行动物中占绝对优势的类群。鳞龙下纲是双孔亚纲中的原始类型，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，也是后来出现的各类新兴爬行动物的祖先。鳞龙下纲直到现代仍然繁盛，是现代最繁盛爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员。
喙头目Rhynchocephalia
喙头目原始的鳞龙类，其绝大多数生存于中生代，在三叠纪时曾经比较繁盛，但后来基本上全部灭绝，仅有楔齿蜥科一个科残存到现代，是现存最原始的爬行动物。楔齿蜥科的化石纪录并不久远，仅有2.5万年，但是现代的楔齿蜥与一亿多年侏罗纪的喙头目成员正南蜥Homoesaurus没有太大的区别，显示其为演化速度很慢的动物，因此有活化石之称。
楔齿蜥科是喙头目现存的唯一成员，也是现存最原始的爬行动物，分布于新西兰北岛海岸附近的一些岛屿，而几个世纪以前则主要分布于新西兰本岛，后由于人类的活动而消失。楔齿蜥科最初定为是2种，后来合并成一种，近年又重新分成两个不同的种，大多数楔齿蜥都属于斑点楔齿蜥Sphenodon punctatus，而生活于库克海峡中背兄弟岛上的楔齿蜥列为兄弟岛楔齿蜥Sphenodon guntheri。楔齿蜥最著名的特征是在颅顶上具有第三只眼，幼年的时候能感光，而成年后基本失去作用。这种颅顶眼是从早期脊椎动物遗留下来的特征，在爬行动物中，某些蜥蜴也有此特征，但是都没有楔齿蜥的第三只眼著名。楔齿蜥寿命很长，卵的孵化期也很长，通常需要超过一年。楔齿蜥食昆虫等无脊椎动物，常与海鸟居住在共同的洞穴中。
