双孔亚纲的初龙下纲是进步的主干爬行动物，拥有改进的运动方式和四个室的心脏，在中生代的时候非常繁盛，是中生代陆地和天空的统治者，也有一些成员进入海洋，包括恐龙和翼龙等最引人注目的古生物。初龙下纲也是鸟类的祖先，拥有与鸟类近似的特征。在中生代结束时，除了起源于初龙下纲的鸟类外，初龙下纲中只有少数鳄目成员残存下来。
鳄形目Crocodylia
鳄形目是初龙下纲中适应水栖生活的一支，和初龙下纲大多数成员一样，出现于三叠纪并在整个中生代非常繁盛。在中生代时，除了类似现代的淡水和近海的鳄类外，还有一些大洋中生活的种类。鳄形目大部分成员随着中生代结束而灭绝，但是有少数生存下来，成为初龙下纲中尾一逃过劫难的成员。鳄形目包括3~4个亚目，现存仅真鳄亚目Eusuchia的1~3个科。
鳄科有8属22~23种，
是初龙下纲仅存的代表，也是现存最先进，体型最大的爬行动物。鳄科主要分布于各大洲热带水域，可分为长吻鳄、鳄和短吻鳄三个亚科，或升级为三个科。长吻鳄亚科Gavialinae又称食鱼鳄亚科，有2属2种。其中长吻鳄或称食鱼鳄Gavialis gangeticus（左上）分布于印度、巴基斯坦、孟加拉以及附近地区，体大，吻极长，以鱼为食。
马来鳄或称马来切喙鳄Tomistoma schlegelii分布于马来半岛和马来群岛，与长吻鳄外形和习性非常相似但体型略小，吻略短。马来鳄分类地位多有争议，以往多认为马来鳄虽与长吻鳄相似，但是亲缘关系与鳄亚科成员更接近，被置于鳄亚科，也有人将其单列一亚科，近来研究表明其确实与长吻鳄关系比较接近，可以列入长吻鳄亚科。马来鳄过去远比现代分布要广泛，几百年前还可见于我国南方，而我国也发现有不少化石种类。鳄亚科Crocodylinae有2属13种，是鳄类中分布最广，种类最多的一类，其中12种都归入鳄属Crocodylus，鳄属在亚洲、非洲、美洲和大洋洲热带地区均有分布，其中有些种类可以进入海洋，因此分布尤其广泛。鳄属中最著名的当属湾鳄
Crocodylus porosus（左中），湾鳄是现存体型最大的爬行动物，身长可超过7米，体重达到1吨。湾鳄可以进入海洋，所以分布非常广泛，从印度、斯里兰卡到澳大利亚的水域均能发现。鳄属中同样有名的是非洲的尼罗鳄Crocodylus niloticus，
尼罗鳄与湾鳄一样都是分布广泛的大型鳄类，并均以性情凶猛能捕食大型猎物而闻名。尼罗鳄可以捕食牛羚和斑马这样的大型哺乳动物。鳄亚科的另外一属为分布于非洲赤道雨林中的非洲侏鳄Osteolaemus tetraspis（右上），非洲侏鳄吻部很短，似短吻鳄亚科的成员，但却属于鳄亚科，而非洲并没有真正短吻鳄亚科的成员。非洲侏鳄也是鳄亚科体型最小的成员，体长仅1.5~2米。
短吻鳄亚科又称鼍亚科Alligatorinae，有4属7种，多分布于美洲，仅有扬子鳄Alligator sinensis（右下）分布于我国长江中下游。扬子鳄又称鼍，是我国现存唯一的鳄，体型小，目前处于濒危状态。扬子鳄的近亲是美洲南部的密西西比鳄Alligator mississippiensis（左下），密西西比鳄和扬子鳄是世界上分布最北的两种鳄，二者非常相似，但是密西西比鳄体型要大很多，且密西西比鳄目前数量很多，是世界上为数不多的不处于濒危状态的鳄类。鼍亚科的其它成员均分布于中南美洲，其中分布最广的是眼镜鳄Caiman crocodiles，从墨西哥南部到阿根廷北部均能见到。鼍亚科中也包括了现存体型最小的鳄类，其中南美洲的盾吻古鳄Paleosuchus palpebrosus雄性体长仅1.5米，雌性则只有1.2米。
